基因擴增PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及標本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就須停止，直到找到污染源為止，而且實驗結果須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染后再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。

基因擴增PCR的日常維護保養工作：

1、樣品池的清洗

先打開蓋子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，用棉簽吸干剩余液體，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發去除，一般5～10min即可。

2、熱蓋的清洗

對于熒光定量基因擴增儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。

3、儀器外表面的清洗

清洗JS-G基因擴增儀的外表面可以除去灰塵和油脂，但達不到消毒的效果，選擇沒有腐蝕性的清洗劑對基因擴增儀的外表面進行清洗。

4、更換保險絲

先將基因擴增儀關機，拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。